《少女爱上姐姐2》的游戏舞台设定在前作的3年后,主人公妃宫千早虽然是个男生,不过却有着比女生更漂亮的外貌及一头银发,因为在学校因为自己的“美貌”而遭受到同学的排挤及歧视。久而久之,自身便开始讨厌起男生这种生物,也失去了笑容,甚至拒绝上学。后来在妈妈超给力的帮助之下,被迫转学到圣应女学院就读,故事由此开始……
妃宫千早的祖先有欧洲人血统,他是一名银发的美少年。别人早就对他的容貌感到好奇,因为不想让他人揭穿身分,于是他拒绝上学,千早的母亲见状后对他下了最后通牒,若是不上学就必须强制转学,而当他真的和青梅竹的女仆度会史被强制转学时,才发现这间由亲戚经营的竟是历史悠久的女子学院。也因此,千早才会和薫子命运的相会。
无论什么都勇往直前的 薫子,还有富有叛逆性的、从高处俯视世人的千早,牵动着彼此,时而反目又复合,千早与薫子缔下了奇妙的友情,在这座历史悠久的女子学院中会发生什么事情呢?学园的优闲生活会如何展开,新的相遇会让千早有什么改变呢?今回女装潜入的新故事即将展开……