《少女爱上姐姐2》的游戏舞台设定在前作的3年后，主人公妃宫千早虽然是个男生，不过却有着比女生更漂亮的外貌及一头银发，因为在学校因为自己的“美貌”而遭受到同学的排挤及歧视。久而久之，自身便开始讨厌起男生这种生物，也失去了笑容，甚至拒绝上学。后来在妈妈超给力的帮助之下，被迫转学到圣应女学院就读，故事由此开始……
妃宫千早的祖先有欧洲人血统，他是一名银发的美少年。别人早就对他的容貌感到好奇，因为不想让他人揭穿身分，于是他拒绝上学，千早的母亲见状后对他下了最后通牒，若是不上学就必须强制转学，而当他真的和青梅竹的女仆度会史被强制转学时，才发现这间由亲戚经营的竟是历史悠久的女子学院。也因此，千早才会和薫子命运的相会。
无论什么都勇往直前的 薫子，还有富有叛逆性的、从高处俯视世人的千早，牵动着彼此，时而反目又复合，千早与薫子缔下了奇妙的友情，在这座历史悠久的女子学院中会发生什么事情呢?学园的优闲生活会如何展开，新的相遇会让千早有什么改变呢?今回女装潜入的新故事即将展开……
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