《秘密潜入》的故事题材仍然是近来泛滥成灾的特工生涯,玩家扮演的是前英国空军特勤部队成员琼斯,此君曾在海湾战争期间执行过多次特种作战任务。退役后的琼斯先是研究各国语言,随后又开始重操旧业,看来杀人还真会上瘾。
以维护世界和平为己任的琼斯携带有pDA式的全球卫星定位系统等高科技通讯产品,以及特种部队惯用的Mp5、M16等名枪,他经常出没于世界各地专为英美两国政府做湿活。终于有一天,一名前克格勃军官以手中的核弹头公然威胁欧洲地区各国政府,如果没有一亿美金他将会毫不犹豫地让整个欧洲陷入核灾难,这小子还跟恐怖份子串通一气四处躲藏。为了找到他并确定核弹头的下落,我们的勇士琼斯与女联络官恩雅少校合作开始了全球追杀......