在古代,人民用神和灵魂这些超自然的概念来解释他们理解不了的自然现象。这些神话后来被整合为了各种宗教信仰,来引领人们在现世的生活。但是,信仰这个宗教的人们对于异教徒或者无神论者开始进行排斥,以至于发动宗教战争和大清洗。人们无法接受不同于自己观点的东西,于是就给予清除和毁灭。不理解,不接受,不尊重不同观点,人的这个丑恶的本性从古至今就带来各种冲突和流血。其实科学也是一种宗教信仰,而且相信科学的人对于其他信仰宗教的的也都进行排斥和诋毁——尽管科学并无法解释世界上所有的问题。
骑兵团的信条其实就代表了唯物主义观点,完全否定精神世界的存在。这代表了原本将东正教作为国教的俄罗斯经受共产主义无神论洗礼之后出现的矛盾心态。从某种程度将,俄罗斯民族对于有神论和无神论的矛盾关系体会得最为深刻。
而另一方面,阿尔乔姆在旅途中遇到的可汗却与骑兵团的信条格格不入。他相信自己是成吉思汗转世。相信地铁是活的有意志的。他相信核战毁灭了天堂和地狱,死去的灵魂无处可去被困于现世永远受苦。虽然他没说过他真的相信神的存在,但他确实相信灵魂和精神世界。他就好像一个萨满一样,可以和地铁沟通,感知黑暗的情绪。他能成为骑兵团的一员,可能就是得益于他对于黑暗超乎常人的直觉使得他非常精于在隧道间安全的游荡并进行侦查。但显然,他与骑兵团不相同的信仰使他一直是一名边缘成员(最后曙光一开头沃尔曼就说他不应该出现在D6秘密基地)。
阿尔乔姆也一直以为可汗只是一个疯癫的老头儿而已,虽然他对隧道有很强大的直觉但都只是巧合。但是在最后曙光中,给出了讽刺的回答——只有这个疯癫的老人看透了一切的事实,他所说的一切都是事实。鬼混是真的,精神世界是真的。也许会吞噬生命的黑暗也像可汗说的一样是有实体的。
当人民坚于自己的宗教而否定一切不同说法时,宗教就变成了迷信。但当我们痴迷于科学的魅力时,却忘记了,当我们相信科学而否定其他一切对于世界的看法时,也许科学也只是一种迷信而已。
黑裔
尽管黑裔的来源没有具体描述,但小说和游戏中都旁敲侧击地暗示黑裔是由人类在地面的幸存者变异而来的。游戏早期的设定稿中,黑裔的造型比现在更加可怖,但也更加接近人类。
除了黑裔与人类极为相似的骨骼结构和高智能暗示黑裔的起源与人类有关以外。小说中在探寻D6基地中出现的大虫食人族也是一个例子。这个部分在游戏中没有出现,这一部分人类幸存者所在的车站离地表太近,受到大量的辐射导致他们出现了奇特的变异——他们的语言功能开始退化,智力可能也受到了影响,他们说的话都很破碎难懂。同时他们进化出了一定程度的精神能力,就如同催眠术一般让人无法动弹,虽然不及黑裔那般强大,但足以干扰前来进攻的骑兵团。可以将其理解为不完全的黑裔。由于这个车站没有牲畜,他们从别的车站抓其他人食用来获取蛋白质。不过对于他们来说,人类或许已经不再是和他们一样的生物了。
有趣的是,大虫食人族信奉大虫,是大虫挖出了地铁隧道,创造了地铁中的人。坏的人要被吃掉。他们就是这样来从名义上把食人正当化。而创立这个教义的教主,是一名幸存的大学心理教授。他利用心理学的知识蛊惑这些幸存者,创立了这样一个邪教。但他的目的很难说是邪恶的——蛋白质是重要的营养,没有蛋白质来源这些人都是死路一条。活着,总比为了遵守人类的那些戒律饿死要好。这也展现了各种包括科学在内的的信仰的主要用途——只要能引领信徒们活下去,其正确与否其实并不重要。
至于黑裔为什么要与人类结盟,综合小说和游戏中的情况可以分析出,黑裔丧失了语言交流的能力,也因此丧失了所有科学技术,自身的生殖能力也不好(十多年间黑裔的活动范围一直限定在植物园站附近,证明其个体数量不多)。因此希望联手同为智慧生物的人类来一起征服地面环境。很难说黑裔是否明白自己与人类是否有亲缘关系,但无论如何黑裔都已经不把自己认定为人类了。
黑裔进化出的强大精神交流能力使这个族群成为意识共同体,所有个体分享自己的情感和记忆。但个体间仍然保有思维的独立性,所以在是否通过阿尔乔姆与人类进行交流这一点上黑裔没有达成统一,一部分成员认为阿尔乔姆是威胁并应该杀死他,尤其是当阿尔乔姆越来越逼近毁灭黑裔的终点的时候。所以在游戏终章阿尔乔姆会受到黑裔的攻击。