一、战役模式(Campaign)
战役模式提供三个阵营(UEF、Illuminate、Cybran)的故事流程,一开始只能先玩UEF(The United Earth Federation,联合地球联盟)阵营。玩家可以透过游戏中的即时动画以及语音字幕认识3大阵营各自面对的问题与彼此的利害关系。
游戏中每个阵营各有6大关,破关后才能进行另一个阵营的战役故事,3个阵营共有18大关。 《最高指挥官2》透过战役模式让玩家由浅入深而熟悉游戏的操作介面与兵种特性,每大关除了以主要任务当作剧情动画触发点,还提供多样化的次要任务供玩家挑战,完成次要任务可获得研发点数或资源奖励。随着战役故事的推进,玩家可操作的兵种与战争规模会逐渐扩大,每个阵营的最后一关照例进行总验收,例如UEF最后一关起初只能带现有部队解救我军指挥官,好不容易抵达前线基地后,还得抵挡多如潮水的敌军不断涌来,在初期资源不足的情况下,一边捡残骸回收资源一边发展科技,想办法撑到己军阵容足够再个别击破3处敌军据点,该关卡游戏时间至少1小时。
战役模式每完成一个附属任务,会获得研究奖励点数与触发下一个事件的进行,透过事件让玩家熟悉新部队的操作与了解剧情。
UEF第6大关的激烈战役,右上方的敌军源源不绝地攻过来,必须尽快稳住战线以免波及后方的基地,设置大型护盾能发挥部分抵挡效果以减小我军的伤亡;地面的焦黑部分是之前激烈作战留下的痕迹。
战役模式通常需先撑过一波波电脑的猛攻,之后换我方带着大量兵器反攻敌方。若是控兵不佳或是兵种配置错误,将导致战力受损而无力反攻。