新大陆:
到哈瓦那,开始寻找赛西利雅的父亲。赛西利雅的母亲说是在一个值得信赖的人哪里,是谁呢?现在新大陆的形势,埃斯康特在新大陆本土扩张,玛尔德纳德名义是古巴总督代办,其实是一名海盗,他在加勒比海的岛屿上扩张。同时,一位勇敢的带有印加血统女孩恰斯卡率领着昆延韦拉斯,不过据说也是埃斯康特的部下。赛西利雅猜测其父亲可能正是在给他刀靴的那个部落头领那里,部落是一个属于前印加帝国的后代。现在杏太郎等没有办法,于是决定先收集情报。
到了委拉克路斯酒馆中,看见了埃斯康特正在和其手下布兰科对话,他们正在议论恰斯卡,说不应该给他舰队。又说到了赛西利雅父亲的事情,看样子,他们也是不知道的。杏太郎认为应该去找恰斯卡,从印加帝国开始寻找。
到了美利达,看见西班牙统治者压榨当地的印加居民,让他们到矿山干活,过着生不如死的日子。同时找到了恰斯卡,但是没有说到正题,她就离开了。
在特卢西优的酒馆,老板认出了“太阳图纹刀靴”,说这正是印加祭祀的产物。
在波多韦罗,恰斯卡亲自来找你,她想联合你共同对付埃斯康特。她利用埃斯康特的资金筹划了舰队,表面遵从埃斯康特的命令切断玛尔德纳德的资金来源,暗中积累实力,想解放当地受压迫的同胞。杏太郎接受同盟的建议,打听赛西利雅的父亲,恰斯卡说他在安第斯内陆研究草药,恰斯卡愿意帮助赛西利雅联系其父亲。
打败埃斯康特后。回到波多韦罗,恰斯卡已经把赛西利雅的父亲找到了,父女相见,格外激动。恰斯卡问杏太郎来新大陆的目的,当得知并不是为了个人野心后,盛情邀请杏太郎去参加他们光复国家的盛大祭祀。在旅馆,晚上,赛西利雅的父亲来找到杏太郎,说到了霸者之证的事情。新大陆的霸者之证的线索就在波多韦罗的遗迹马丘比丘之中,但是有一个谜语,谁也解不开,得知杏太郎是东亚霸者之证的继承人,认为可能有天赋去完成这个使命。参加祭祀,发生马丘比丘事件后,得到“典礼用的小刀”。
在码头,把“典礼用的小刀”放入“太阳图纹刀靴”中,得到了新大陆霸者之证地图“比塔科史的刀刃地图”。然后去找到霸者之证“契幕的斧头”。
现在可以回到地中海了。
地中海:
回到里斯本,赛西利雅一家团聚!杏太郎问塞西利亚的母亲霸者之证秘密研究出来没有?阿博科鲁克突然告诉杏太郎,霸者之证已经不再葡萄牙了,他交给了巴鲁迪斯。原来巴鲁迪斯威胁葡萄牙不交出霸者之证就要开战,葡萄牙根本没有实力和西班牙一战,为了葡萄牙和其王室,阿博科鲁克不得不这么作。塞西利亚的母亲并不知道这件事,但是她仍然非常责怪自己。杏太郎听完阿博科鲁克的话后,决定向巴鲁迪斯宣战,阿博科鲁克向杏太郎道歉,同时敬佩杏太郎的勇气!
在里斯本港口,在战斗即将开始的前夕,杏太郎唱起了歌,他的歌声使水手们鼓舞!赛西利雅来到杏太郎的身边:“我喜欢,我好喜欢杏太郎。”出港吧,战斗吧!在塞维利亚,巴鲁迪斯同时准备向杏太郎开战,无敌舰队向里斯本海域驶来。一场艰苦的战斗,玩家一共需要击败4支舰队,一次打不赢,那就逃跑,重整旗鼓再回里斯本消灭其舰队。把西班牙无敌舰队消灭了,夺回全部霸者之证,并且得到了神秘小物品“青铜制的油灯”。
当谢尔事件发生后,得到“画有图案的布”。
在码头,用“青铜制的油灯”的火烤“画有图案的布”,得到地中海霸者之证的地图“库雷欧不罗的不地图”。然后现在可以找到地中海霸者之证“阿葛曼侬的面具”了。
结局:
七件霸者之证全部到手了,什么事情却都没有发生。杏太郎突然明白,拥有霸者之证的意义不过是当世界海洋浑然一体后,拥有强大实力的人来维持海洋的和平,维持世界的大同和贸易的平等。什么事情也不会发生的,明天的一切都还是需要自己的努力。
把赛西利雅送回塞尔维亚其父母那里,赛西利雅离去的背影终于让杏太郎无法忍受。杏太郎追上去:“回来吧”。赛西利雅离开了自己的父母,跟随杏太郎一起闯荡世界。两人经常在夜晚,坐在船的桅杆上,彼此靠在一起,看海洋那汹涌的波涛…………当然,他们没有忘记结婚,呵呵。