当阿卡特兹与部分队友逃出潜艇时,以发现水面上依然是一片火海,船上的队员基本全部阵亡,正当大家还闹不清发生了什么事的时候,夜空突然出现了一搜外星战机,对陆战队员们疯狂扫射。而此时,纳米战士出现了,用重机枪击毁外形战机,并将阿卡特兹带走了。
第2关:二次机会
第1关结束后,主角从昏迷中醒来时自己已经变了样子,穿上了先前救他的那个人的纳米服。该关的主要任务是去寻找博士古德。
纳米服拥有智能系统,将阿卡特兹的DNA与衣服结合,动画中了解到救他的人被大家称为先知(实际上就是1代黑人队长),其自身已经被外星病毒严重感染,无法继续执行任务,将其纳米服脱下交给了陆战队员阿卡特兹并在系统中留下了其任务目标与其影像。