过长寿及萌下两个关卡,走过迷津沙后去到北方的灵武,经过那里赶到灵武城西北的隋军兵营,两人这一次终于赶在血阵发动之前阻止了韩腾将军,击败韩腾之后小雪突然手持轩辕剑出现阻止两人破坏血阵,终于第六颗血灵珠也被炼成。并且两靖仇自以为可以依靠的昆仑镜也被"轩辕剑"击碎,随后韩腾携小雪一起离去。
两人回到郡王府,郡主告诉靖仇说有条通往太师府的密道,可以前去设法取回神器,但靖仇又无心再与任何做对。
深夜,玉儿一人在弹琵琶以遣愁怀,郡主出现以情诱动玉儿随她去太师府密道找寻小雪。在太师府内玉儿找到小雪,方才知道原来宇文太师和小雪分别是昆仑镜和女娲石转世之人,而宇文太师以预见未来之能力预见了赤贯星之灾,为此必须集齐琴鼎镜石印五样神器以补天之痕方才能弥此灾祸。小雪不能离开太师府,留下书信给玉儿让其告诉靖仇,但归途中郡主突然现出魔头真面目,突袭玉儿并栽赃给宇文及小雪使得靖仇误以为真。靖仇不肯让小雪替伤重的玉儿治疗,只是听其所劝将玉儿带到仙界找古月仙人救治,无奈为时已晚,古月仙人赶到之时玉儿已无气息,古月纵有回天之力也无法使玉儿复生,唯有替其做一水晶棺材以保其身体及魂魄不散。
三日后,靖仇去到对弈亭,古月仙人听了靖仇所述后劝其放弃与宇文争斗之心,因宇文目前几已天下无敌,连古月也已不是他对手了。古月还告诉靖仇天界的伏羲宫殿中的天女白玉轮可使死去之人复活,但要登天,则必须集齐其他五样神器方可。
靖仇收起放置玉儿之水晶棺后到对弈亭与仙人告别后回到大兴郡主府,此时的靖仇心丧若灰,只想回到北方玉儿故乡,师傅见靖仇如此,也不再勉强复国之时,唯有叹息而已,而郡主见无计可施,也只有自己再谋他法。
往北方行的途中,靖仇和师傅在河道断崖过夜,夜里救下被匪徒所劫之居民后靖仇吹笛思人,巧遇李世民,两人一见如故并相约第二日在太原城门口相会。
翌日,在太原城门见到李世民,李带两人来到自家府邸,靖仇在那里见到玉儿姐夫张烈和李靖。靖仇将所有之事尽皆告诉张烈后两人决定一起去找宇文太师算帐。张烈自称从宇文义父那里学到了针对其弱点的鬼谷道术,因此带领大家先去云岗石窟寻找可以与宇文想抗衡的宝物(似乎也没有吗!),在云岗石窟,用汰玉如来放在顶端石窟的桌子上开启天梯直通洛阳。
赶到通天塔,却为宇文所施放的地龙阴火所阻无法入塔,三人只得先回到洛阳寻找李靖已取其去准备的宝物以破地龙阴火。在客栈遇到郡主后三人洛阳城门口遇到李靖,其后一起去到张烈(虬髯客)在洛阳准备的虬髯客栈,张烈将十年来在中原经营积累全部交于李靖后与靖仇一起赶去通天塔阻止宇文拓布阵。以龙狱破了地龙阴火之后入塔,去到高处遇到在此防卫的韩腾,将其击败后上到塔顶,宇文太师第一次以十分之一的力量和靖仇及张烈战斗失败,为了顺利施法不得已动用轩辕剑将靖仇击败(第二次战斗必败)。正此其时,郡主突然出现以小雪为人质扰乱宇文心神,靖仇伺机击倒宇文太师,郡主终于现出真面目,原来她原是西方撒旦之女魔将,如此处心积虑就是为了乘天狗蚀日,赤贯妖星划破天界结界的机会让西方魔界进入人间为祸。
千钧一发之时,小雪以轩辕剑的力量护送靖仇、张烈和自己三人躲入洛阳边上的荒野山洞,几天后,靖仇醒来方知原委,见大错已酿成,决定去找仙人看是否还有挽救的办法。
到天外村然翁居找到老仙翁,他也没有办法,但让靖仇去莫支滩找古月仙人看是否会有解救之法。找到古月仙人,仙人指点出两个方法,靖仇连忙通过传送点去到凡间寻找已经失落的神奇和宇文拓。
通过魔界传送(按次序先后从仙界依次打开的魔界传送点行动)点分别去到殇魂塔击败千年狐狸精取得崆峒印和在蛰魂塔击败千年琵琶精取得神农鼎。去到通天塔,在门口遇到了程咬金和秦叔宝,原本想入内救出宇文拓和伏羲琴,但被魔界之火所阻,只有回到仙界向仙人讨教。古月仙人再次陪同靖仇下凡来解决难题,古月将通天塔门口的魔火熄灭后众人兵分三路,靖仇一行去救宇文太师、古月去塔顶布阵、而李世民、程咬金等人则去破坏血灵珠。
靖仇三人在塔内找到宇文拓,却被已恢复魔力的郡主所阻,击败她后,郡主虽是魔界中人,但却为了情之一字放弃了吃下撒旦魔果和宇文太师做最后一搏的机会而死去。上到瘩顶,众人按古月仙人的安排布下失却之阵,以昆仑镜(宇文太师)为核心发动阵法回到赤贯破天之前。古月为耗费了大量体力的宇文恢复精力之后,不顾靖仇师傅的呵斥,再次发动失却之阵到达连接天界的虚无之门,众人通过虚无之门最终到达传说中的伏羲神殿。
众人在伏羲神殿中见到了古月先前所说的可使死人复活的天女白玉轮之阵,靖仇不由生出了使玉儿复生的念头,但如此一来,则可能耗去已化为人形的昆仑镜及女娲石的宇文和小雪的大量体力,有使他们在进行最后的失却之阵时回复原形,而要再次投胎转世,则需要一个甲子的时间。孰去孰从,靖仇不禁进退彷徨……
这之后的剧情发展取决于之前的进入魔王岩的发方法,如果之前选择潜水进入,则玉儿会在这里复活;如果选择藏身于车中进入,则玉儿不会复活。
之后去到伏羲神殿旁的赤贯星内,经过赤贯星中心之柱后进入赤贯星最深处将两处光芒关闭打开开启失却之阵的传送点,去到失却之阵的布阵之地,布阵完毕,郡主却又赶至,现出魔女原形,打败她后。宇文拓念其在魔界世界中对自己的一番情谊,遂答应魔女最后的要求,死后将她的灵魂带回西方的故乡,而古月也将其魂魄封入伏羲琴中,以使其再次转世虽仍身出魔界,但已无魔心。正要发动阵法,突然发现有人在破坏赤贯星中枢之柱,为保阵法得以施法,靖仇三人赶往那里,却发现原来是受了魔女诱惑吃下撒旦之果的师傅在捣乱,逼不得已之下,靖仇只得与已化身为魔师傅为敌,最终虽战败了师傅,但师傅也已逝去,顾不得心中的悲痛,靖仇三人赶回失却之阵,古月仙人祭起阵法……
天空白光闪过,天之痕慢慢补起。