与此同时,Snake收到了关于曾经渗透进“大本营”的女间谍Paz(《合金装备:和平行者》女主角,最后一刻暴露自己最终Boss真面目的伪萝莉)的消息,据说Paz并没有死,而是被囚禁在古巴南方的一个美国海军基地。
这个基地建有一个监狱,在这座监狱里美国和古巴的法律均不适用,许多极端的拷问方式都可以在这里进行。了解到这一信息后,一名组织的年轻志愿兵“Chico”(对Paz有感觉),自己擅自开始了对Paz的营救行动。
没过多久,Snake就收到了来自Chico的求救信号,Chico也被敌人抓住了。别无选择的Snake亲自执行了一次潜入任务,以期将Chico和Paz全部救出。而在此时,“大本营”还需着手准备即将到来的核核查。
但是,Snake并不知道,他的决定最终会引出一系列改变他命运的悲剧事件。