变节者X：黑色黎明构建于命令与征服原版世界观：1995年泰伯利亚矿陨石坠入意大利台伯河。为了阻止泰伯利亚矿侵蚀地球，联合国建立秘密军事联盟GDI（全球防御组织），在减缓泰伯利亚矿蔓延同时与坚信泰伯利亚矿有利于地球人类进化而全力传播泰伯利亚矿的恐怖组织Nod兄弟会在全球展开对抗。
本作中，GDI泰伯利亚矿研究领域首席科学家Mobius（莫比尔斯）教授被Kane（凯恩）领导的全球恐怖组织NOD兄弟会绑架，随同GDI战俘通过阿尔巴尼亚押往黑海上的一个NOD小岛，卫星图片显示整个岛屿防守严密，自动炮台遍布海岸四周。由于整个岛屿被森林覆盖，无法判断出是否隐藏NOD大型防空设施。GDI总部指示不惜一切代价救回教授，老牌特种兵Havoc（哈洛克）上校奉命再次出征，率领GDI海军陆战队冒着枪林弹雨在海军炮舰掩护下抢滩登陆，原版变节者中与Havoc一起出生入死的GDI死亡6组成员将再次出场。同时上场的还有原版变节者中的经典单位，大型运输机C130、运输直升机、GDI炮舰、A-10攻击机、GDI登陆艇、导弹车、NOD炮台等。
任务场景规模恢宏，远处连绵起伏的山脉，一马平川的平原将出现在玩家眼前，被A-10攻击机击中着火的C130大型运输机从玩家面前呼啸而过。加入最新的日夜光影循环系统。随着战时的延续，光照系统会随之发生变化，让玩家感受到真实的战场环境。
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