《新世纪福音战士：机密档案》以动画的17～24话与剧场版「Air真心为你」为基础。主角不是玩家熟悉的原作角色，而是隶属于NERV谍报部的探员剑崎恭也。故事从主角秘密运送EVA四号机到了NERV本部开始，面对恐怖份子的攻击、NERV内部暗藏的阴谋等，透过调查各个事件，逐渐解开原作中留下的种种谜团。玩家扮演的主角剑崎，在与美里、加持、律子、真嗣、零、明日香等人的交流之下，也逐渐产生了疑问…
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