故事是由EVA故事展开的前一年开始的，进入NERV机关的玩家你，原本是一名放弃教育生涯的教师。进入NERV之后，接受的任务就是对绫波丽进行培养，同时参与到对使徒侵袭工作的反抗中来。但是，随着剧情的发生，你逐渐发现这一切并不是那么简单，而你和绫波的关系倒是越走越近……游戏一共经历一年的时间，直到补完发生，结局出现为止。中间的大大小小事件尽量保持了原作风格，以章节来划分段落，同时穿插着绫波和玩家之间的各式各样的事件。与其说玩家，不如说绫波是真正的主角，许多事件都以绫波的角度去描绘。换了一个角度后，不但增加了新鲜感，并且同样的情节也让人有了更深一个层次的认识。
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